Laboratoire des Écoulements Géophysiques et Industriels




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Cyrille Bonamy

Cyrille Bonamy


Ingénieur de recherche
Téléphone : 04.56.52.86.09
Courriel : Cyrille.Bonamy(A)legi.cnrs.fr
Bureau : G104

Depuis 2013 : Ingénieur de Recherche CNRS, Expert Calcul Scientifique au sein du laboratoire LEGI, membre du comité de pilotage du GDS EcoInfo

2010 - 2013 : Responsable du Service Calcul Scientifique Intensif de l’Université Lille 1, et plus particulièrement en charge d’un cluster de plus de 2000 coeurs ( 50 Tflops)

Avant 2010 : Doctorat et Post Doctorat au sein du laboratoire de Poitiers PPRIME, thématiques de recherche (modélisation aéroacoustique)

Points clés de mon activité

ASPECTS RECHERCHE/CALCUL
- co-encadrement de trois thèses en 2019/2020 (Antoine Mathieu : Transport Sédimentaire ; Matthieu Guilbot : CIFRE Hydroquest ; Robin Gautier : CIFRE Thomsea)
- co-développement de logiciels opensource dédiés à la mécanique des fluides (solveur SedFoam, Fluidimage, FluidDyn) ; langages C++ et Python
- optimisation des performances des outils de simulation et de traitement de données de l’ensemble des équipes de recherche du laboratoire ; langages C++, Fortran, C, Python et Matlab
- portage et aide à l utilisation des moyens de calcul régionaux (froggy - CIMENT) et nationaux (IDRIS - CINES - TGCC et plus généralement GENCI)
- pilote dans le projet d’uniformiser les formats de données utilisés au sein du laboratoire LEGI (forte incitation à ouvrir les données : OpenData et à utiliser netcdf et hdf5)
- incitation et appui à l’utilisation des codes de calculs communautaires (OpenFoam) et aux techniques agiles de développement de codes (système de gestion de développement collaboratif de codes, versioning, intégration continue, tests de régression...)
- appui avancé développement aux stagiaires, doctorants et chercheurs (numériciens et expérimentateurs), en incitant fortement à l’usage du calcul intensif adapté à la situation (centre de calcul hpc, grille, cloud)
- co-animation du Groupe de Coopération Calcul du LEGI
- diffusion du savoir faire (séminaires, formation, forge publique sur les développements internes)
- veille technologique sur l’évolution des technologies de calcul intensif (GPU, cloud, bigdata, docker) ainsi que des concepts et des méthodes numériques dans le domaine de la mécanique des fluides numérique

ASPECTS SYSTEME/INFRASTRUCTURE
- pilotage des aspects infrastructure de la salle serveur du nouveau bâtiment du LEGI (optimisation des réglages de la GTC du bâtiment, référents des aspects maintenance et amélioration du système d’extinction incendie et de l’onduleur).
- participation à la gestion des machines de calculs sous Linux (500 coeurs) et des baies de stockage (>8, 300To)
- participation à la gestion d’une partie des postes utilisateurs, principalement sous Debian GNU/Linux ( 80)

ASPECTS AUTRES
- membre du comité de pilotage du GDS EcoInfo (GDS 3524) : responsable axe éco-conception de service numérique
- membre du CA de l’association Foam-U
- représentant collège B au conseil du laboratoire LEGI
- membre du Bureau du Comité Utilisateurs de l’UMS GRICAD
- responsable technique du pôle PEM-ING-MATERIAUX de l’équipe CIMENT, et membre du pôle calcul de l’UMS GRICAD
- expert de jury BAP E (participation à divers jury dont un jury concours interne national CNRS IE)
- participation à divers projets recherche (ANR, projet STREAM-FAIRE de l’INP, projet région CMIRA)
- sauveteur Secouriste du Travail
- habilitation électrique BS
- vacations à l’Ecole d’Ingénieurs ENSE3 - GINP (Cours/TD et BE de Méthodes numériques et Mécanique des Fluides) ; montage d’une formation OpenFoam en seconde année.

ANCIENS PROJETS
- pilotage de l’opération ’Migration du Courriel’ (externalisation des courriels vers la DSI de l’Université Joseph Fourier, 2015)

Actions "EcoInfo"

2019

C. Bonamy, L. Lefevre, G. Moreau : Calcul haute performance et efficacité énergétique : focus sur OpenFOAM - JRES 2019

C. Bonamy, L. Lefevre, L. Bourges : Atelier Eco-conception de service numérique - ANF "Impact Environnemental du Numérique : Comprendre et Agir", Autrans, 2019

2017

C. Bonamy, R. David, J. Schaeffer : Audit de datacentre : explication par l’exemple - JRES 2017

C. Bonamy, D. Mallarino (2017). Impact des logiciels sur l’environnement, quid de l’eco-conception ? Plénière aux JDEV 2017, Marseille.

Organisation et intervention lors de la journée EcoInfo “Edge Datacenters au coeur des services numériques de demain”, 16 Mars 2017, Paris

Organisation et intervention lors de la journée “Impact des logiciels sur l’environnement, quid de l’éco-conception ?”, 3 février 2017, Grenoble

2015

C. Bonamy, P. Billa, H. Meurdesoif (2015). Action "Développement Durable" au sein d’une DSI d’Université. JRES 2015

2014

Intervention succincte lors de la formation "Datacentres Eco-responsables : quoi de neuf ?", 2014

Publications dans HAL

Miscellaneous

2017
Nagel, T., Chauchat, J., Bonamy, C., Liu, X., Cheng, Z., & Hsu, T. - J. (2017). Two-phase flow simulation of scour around a cylindrical pile.
2016
Augier, P., Bonamy, C., Campagne, A., & Mohanan, A. V. (2016). FluidImage, a libre framework for scientific treatments of large sets of images.

Peer-reviewed Publications

2019
Augier, P., Mohanan, A. V., & Bonamy, C. (2019). FluidDyn: A Python Open-Source Framework for Research and Teaching in Fluid Dynamics by Simulations, Experiments and Data Processing. Journal of Open Research Software, 7.
Hoerner, S., & Bonamy, C. (2019). Structured-light-based surface measuring for application in fluid–structure interaction. Experiments in Fluids, 60(11).
Mathieu, A., Chauchat, J., Bonamy, C., & Nagel, T. (2019). Two-Phase Flow Simulation of Tunnel and Lee-Wake Erosion of Scour below a Submarine Pipeline. Water, 11(8), 1727.
Mohanan, A. V., Bonamy, C., & Augier, P. (2019). FluidFFT: Common API (C++ and Python) for Fast Fourier Transform HPC Libraries. Journal of Open Research Software, 7.
Mohanan, A. V., Bonamy, C., Calpe Linares, M., & Augier, P. (2019). FluidSim: Modular, Object-Oriented Python Package for High-Performance CFD Simulations. Journal of Open Research Software, 7.
2018
Misra, A., Bonamy, C., De Souza, L. M., Hohl, L., Illner, M., Kraume, M., et al. (2018). A multi-fluid approach to simulate separation of liquid-liquid systems in a gravity settler. Computer Aided Chemical Engineering, 43, 31–36.
Nagel, T., Chauchat, J., Bonamy, C., Mathieu, A., Liu, X., Cheng, Z., et al. (2018). TWO-PHASE FLOW SIMULATIONS OF SCOUR AROUND VERTICAL AND HORIZONTAL CYLINDERS. Coastal Engineering Proceedings, 1(36), 22.
Nagel, T., Chauchat, J., Wirth, A., & Bonamy, C. (2018). On the multi-scale interactions between an offshore-wind-turbine wake and the ocean-sediment dynamics in an idealized framework – A numerical investigation. Renewable Energy, 115, 783–796.
2017
Chauchat, J., Cheng, Z., Nagel, T., Bonamy, C., & Hsu, T. - J. (2017). SedFoam-2.0: a 3-D two-phase flow numerical model for sediment transport. Geoscientific Model Development Discussions, 10(12), 4367–4392.
2015
Debesse, P., Pastur, L., Lusseyran, F., Fraigneau, Y., Tenaud, C., Bonamy, C., et al. (2015). A comparison of data reduction techniques for the aeroacoustic analysis of flow over a blunt flat plate. Theoretical and Computational Fluid Dynamics, 30(3), 253–274.
2014
Abu Awad, D., Gallina, S., Bonamy, C., & Billiard, S. (2014). The Interaction between Selection, Demography and Selfing and How It Affects Population Viability. PLoS ONE, 9, 86125.
2013
Bonamy, C., & Le Guyader, C. (2013). Split Bregman iteration and infinity Laplacian for image decomposition. Journal of Computational and Applied Mathematics, 240, 99–110.
2010
Bonamy, C., Jordan, P., & Gervais, Y. (2010). Tailored nearfield Green’s functions for arbitrary geometries. Journal of the Acoustical Society of America, 128(5).

Conference Proceedings

2019
Bonamy, C., Lefèvre, L., & Moreau, G. P. A. (2019). High performance computing and energy efficiency: focus on OpenFOAM. In Congrès JRES : Les Journées Réseaux de l’Enseignement et de la Recherche (pp. 1–9). Dijon, France.
2018
Bonamy, C., Nagel, T., Mathieu, A., Chauchat, J., Cheng, Z., & Hsu, T. - J. (2018). Prediction of scour phenomenon around cylinder with SedFoam. In 3rd French OpenFOAM users conference. Valenciennes, France.
Chauchat, J., Cheng, Z., Revil-Baudard, T., Bonamy, C., Hsu, T. - J., & Hurther, D. (2018). Investigation of turbulent sheet flows under unidirectional flow forcing. In 8th International Symposium on Environmental Hydraulics. NOTRE-DAME, IN, United States.
Chauchat, J., Maurin, R., Nagel, T., Bonamy, C., Cheng, Z., Mathieu, A., et al. (2018). Upscaling of granular processes in sediment transport : from discrete to continuous modeling. In EGU 2018. VIENNE, Austria.
Hoerner, S., Maître, T., Bonamy, C., & Thévenin, D. (2018). Fluid-structure-interaction of a flexible composite hydrofoil in forced rotational oscillation motion. In Proceedings of 9th International Symposium on Fluid-Structure Interactions, Flow-Sound Interactions, Flow-Induced Vibration & Noise. Toronto, Canada.
Mathieu, A., Nagel, T., Bonamy, C., Chauchat, J., Cheng, Z., Liu, X., et al. (2018). Application of a Eulerian two-phase flow model to scour processes. In River Flow 2018 – Ninth International Conference on Fluvial Hydraulics (Vol. 40). Lyon-Villeurbanne, France.
Moreau, G. P. A., Mathieu, A., Bonamy, C., Chauchat, J., & Sommeria, J. (2018). OpenData for simulation and experimentation at LEGI. In Interopérabilité et pérennisation des données de la recherche : comment FAIR En pratique ? Retours d’expérience. Paris, France.
2017
Bonamy, C., Chauchat, J., Cheng, Z., Nagel, T., & Hsu, T. - J. (2017). sedFoam, a OpenFOAM solver for sediment transport. In 12th OpenFoam Workshop. Exeter, United Kingdom.
Chauchat, J., Bonamy, C., Nagel, T., Mathieu, A., Cheng, Z., Liu, X., et al. (2017). New perspectives on particle-laden flows in complex geometries using the turbulence-averaged Eulerian two-phase flow model. In IUTAM/ AMERIMECH SYMPOSIUM on Dynamics of Gravity Currents. SANTA BARBARA, CA, United States.
Chauchat, J., Cheng, Z., Nagel, T., Bonamy, C., Mathieu, A., & Hsu, T. - J. (2017). sedFoam: an open-source multi-dimensional two-phase flow model for sediment transport applications. In Euromech Colloquium 588 Coupling Mechanisms and Multi-Scaling in Granular-Fluid Flows. TOULOUSE, France.
Hoerner, S., Bonamy, C., Maître, T., Cleynen, O., & Thévenin, D. (2017). Strongly-coupled fluid-structure-interaction with large deformations on a flexible hydrofoil under forced oscillation. In 12th OpenFoam Workshop. Exeter, United Kingdom.
Nagel, T., Chauchat, J., Cheng, Z., Bonamy, C., Liu, X., Hsu, T. - J., et al. (2017). TWO-PHASE FLOW SIMULATION OF SCOUR AROUND A CYLINDRICAL PILE. In Coastal Dynamics 2017. Helsingor, Denmark.
2016
Nagel, T., Chauchat, J., Cheng, Z., Liu, X., Hsu, T. - J., Bonamy, C., et al. (2016). Two-phase flow simulation of scour around a cylindrical pile. In Journées Nationales Génie Côtier – Génie Civil (pp. 65–72). TOULON, France: Editions Paralia.
2010
Bonamy, C., Jordan, P., & Gervais, Y. (2010). Time-Domain Tailored Green’s Functions for Arbitrary Geometries. In 16th AIAA/CEAS Aeroacoustics Conference. Stockholm, Sweden: American Institute of Aeronautics and Astronautics.
2008
Bonamy, C., & Gervais, Y. (2008). Experimental analysis of the wall aerodynamics and acoustic radiation of the trailing edge of an airfoil in subsonic flow. In Acoustics’08, Paris, France, June 29-July 4 2008.. France.